该玩法分为公共秘境、私人秘境和挑战秘境三种主要类型，为玩家提供了不同协作规则与难度的选择。秘境的核心目标在每层固定，通常要求玩家在规定时间内清除指定数量的怪物、收集水晶或激活巨石，完成后才能召唤最终BOSS进入战斗。
进入秘境的核心方式是前往主城右侧的绿色传送门，互动后即可排队进入公共秘境。公共秘境通过系统随机匹配玩家，职业锁定不可切换，最多容纳8人同时挑战。私人秘境则需要玩家在秘境工作台制作传送门道具，将其放置在有建筑权限的区域，允许自由邀请最多7名队友，并可以在秘境中切换职业，其难度会根据队伍的平均战力进行调整。挑战秘境则提供具有固定地形和特殊机制的层数供玩家反复挑战。
秘境的房间布局通常固定为14个，包含一个BOSS房和随机生成的迷宫结构，玩家可以通过地面箭头或屏幕上方标识来辨别方向。怪物的属性与特殊效果会层数提升而显著增强，例如带有吞噬黑暗减伤或相濡回血等效果的怪物需要玩家针对性处理。在探索过程中，已清空怪物的房间会成为检查点，并在地图上以蓝色光效标记，秘境内部还设有快速传送系统，能让玩家直接返回最近的检查点。完成挑战目标且队伍中有指定数量的玩家到达BOSS巢穴后，系统会向其他队员弹出召唤窗口，以便快速集结进行首领战。
击败秘境BOSS后会掉落丰富的奖励，主要包括白箱和黑箱。白箱每层都会出现，提供旗帜、晶石及水晶品质以下的装备等基础奖励。更具价值的黑箱则每三层出现一次，需要使用暗影钥匙开启，能产出包括水晶品质在内的全品质装备。每周完成的前六个黑箱奖励尤为关键，必定包含月魂、泰坦之魂和毁坏的神魂等稀有资源，后续黑箱则转为掉落暗影宝箱。
