虫洞探索是获取高级蓝图、稀有装备和资源的核心玩法，属于高风险高回报的挑战。要参与虫洞探索任务，首先需要指挥官等级达到15级才会开启。虫洞分为五种不同的危险等级，从平静、波动、异常、凶险到危险，基本上颜色越深的虫洞就越危险，但相应的奖励也越丰厚。进入虫洞的方式主要有两种：一是在游戏内点击行动，在探索分类中找到每日的虫洞任务；二是通过星图界面，切换到虫洞分布视图，根据颜色标记找到对应的虫洞入口位置并跃迁进入。虫洞内部采用副本机制，不同吨位的舰船会进入不同的虫洞副本，因此组队时务必统一船型，例如全部使用巡洋舰或驱逐舰，否则会被分配至不同副本而无法协同作战。
进入虫洞前的准备工作至关重要，合理的舰船与装备配置是生存和收益的保障。舰船方面，强烈推荐使用驱逐舰或巡洋舰，这两类舰船在船舱容量、火力与机动性之间取得了较好的平衡，且万一不幸被击毁，损失成本也远低于造价高昂的战列舰。由于虫洞内存在独特的空间扭曲效应，会随时间推移持续降低舰船的能量恢复效率，最高削减可达95%，因此能量管理是配置的核心。必须携带能量回复增效器或护盾回充装置等能量增益组件，并确保船舱内装载了充足的备用弹药，且备用弹药的科技等级、品质和型号必须与武器弹仓内的完全一致，才能在弹药耗尽后实现自动补充。武器方面，选择二联装型号可以在输出与能耗间取得平衡。
虫洞内部空间结构复杂，主要分为维序区和暗区两大区域，理解其规则对规划探索路线至关重要。维序区属于安全区域，禁止玩家之间进行PVP战斗，适合新手玩家熟悉环境和积累基础资源。暗区则允许玩家间自由对战，虽然风险显著提升，但奖励品质普遍更高。虫洞从入口向内分为W0到W3等多个层级，层级越深，危险系数和收益回报也相应提升。一个关键的技巧是，当在维序区将虫洞扭曲等级累积到7层左右时，再选择进入暗区，这样暗区会重置扭曲等级，等于额外获得了约20分钟的探索时间，从而最大化单次探索的收益。探索时需时刻关注界面左侧的虫洞扭曲效率状态，当效率达到50%以上时，便应考虑前往暗区或准备撤离。
虫洞内的任务类型多样，主要分为战斗任务和特殊事件两大类，采取正确的应对策略是高效通关的关键。战斗任务通常要求玩家依次击败三波敌舰，全部消灭后会掉落可开启的货柜宝箱。在战斗中，必须优先集火击杀名字为捍卫者、追逐者或追猎者的敌舰，因为它们携带毁电装置，能迅速抽干我方舰船能量导致瘫痪。特殊事件则包含多种随机互动场景，例如遗弃前哨站可能需要解答数学数列谜题，答错超过三次可能触发敌对反应；信标排序任务需要操作灯柱，每操作一盏会影响其相邻两盏的状态；遇到圣殿学术号卫星则可能触发高价值货柜。援护舰长的配置也很重要，他们能协助承受伤害甚至提供回盾回电支援。
