阵容搭配的核心在于平衡控制、输出和防御能力。优先选择具备大范围技能和高浮空能力的忍者，例如自来也、宇智波鼬和猿飞阿斯玛，这类忍者在自动战斗中能有效压制对手。同时需注意忍者站位，起手速度快的角色应放在中位，主奥义忍者避免与敌方先手型角色对位。战力相近时，合理的技能组合往往能决定胜负。
积分赛的自动战斗机制要求忍者技能具备高命中率和稳定输出。推荐使用奥义范围大且不易被打断的忍者，如迈特凯的朝孔雀和猿飞阿斯玛的查克拉刀·真一文字。防御型角色如宇智波鼬的高防御和复活能力能增强团队生存能力。控制型角色如山中井野的心乱身之术可打乱对手节奏，为队友创造输出环境。技能释放时机虽由系统控制，但忍者间的技能互补能形成连招优势。
针对不同对手调整阵容是提升胜率的关键。若遇到常见铁三角阵容（猿飞阿斯玛、迈特凯、夕日红），可使用咒印君麻吕和夕日红进行反制，利用纵深攻击和范围控制打破敌方节奏。面对高爆发阵容时，增加防御型角色比例并优先升级控制技能。观察对手阵容特点后针对性更换1-2名忍者，这种微调往往能改变战局走向。资源分配方面，优先培养核心忍者的攻击力属性而非暴击属性，实战证明攻击力对积分赛胜率的影响更为直接。组织功勋建议兑换勾玉等提升战力的资源，而非性价比低的忍者碎片。
