要开启七岛剧情，首先需要完成一周目主线内容，包括击败关都地区8个道馆馆主和四天王，成为宝可梦联盟冠军。通关后大木博士会主动联系玩家，若图鉴收集数量达到60种博士会帮助升级为全国图鉴模式。这是触发七岛剧情的首要条件，之后需要前往枯叶市码头乘坐渡轮前往1号岛开始后续任务。
在1号岛的精灵中心会遇见研究员，得知网络系统需要红宝石才能正常运行。需要前往灯火山获取关键道具，路线是从1号岛右侧冲浪至光辉之路，穿过洞穴后抵达灯火山顶部。途中会遇到两个火箭队成员把守的洞穴，击败他们后进入洞穴最深处取得红宝石。返回精灵中心将红宝石交给研究员后，会获得七岛船票并解锁新任务——寻找对应的蓝宝石。
获取蓝宝石需要依次探索多个岛屿，关键步骤包括：从4号岛科拿家右侧的冰洞取得攀瀑技能，用于登上大瀑布；在5号岛火箭队仓库输入密码后击败守卫；最终在6号岛通过迷宫洞穴取得蓝宝石。洞穴内需要按特定顺序行进，采用上、左、右、下的走法才能抵达正确位置，但蓝宝石会被火箭队成员抢走并留下密码线索。
夺回蓝宝石后返回1号岛完成网络系统修复，七岛之间的航线将完全开通。最后可前往7号岛的训练师塔挑战高等级对手，或在变化洞穴捕捉未知图腾等特殊宝可梦。整个七岛剧情涉及多个岛屿的串联探索，需要合理运用冲浪、攀瀑等秘传技能，同时注意保管好关键道具红蓝宝石。完成七岛全部任务后，玩家可返回华蓝市挑战洞穴捕捉超梦，这是整个剧情的最终环节。
